De l’instabilité sociale naît un processus d’éparpillement des pouvoirs et de décentralisation de l’autorité qui explique l’effacement progressif du régime shôgunal Ashikaga à l’époque Sengoku. La société féodale se réorganise totalement. Les cellules sociales de base manifestent leur autonomie en créant des structures égalitaires, les ligues qui unissent les participants dans un but commun.
Du XIVème siècle au XVIème siècle, la montée de l’autonomie populaire s’exprime dans la naissance, à l’échelon local, d’organisations communautaires de longue durée, les sô. Ce terme sô désigne l’ensemble des habitants d’un village ou d’une région. La plupart des historiens japonais y voient une notion assez voisine de celles des communes médiévale d’Occident. Les communautés locales regroupées en sô s’assurent l’administration quotidienne. Au lendemain des guerres Onin, apparaissent aussi des communes régionales non sans similitude avec les cantons suisses au XIVème et Xvème siècle. A partir du début du XVIème siècle, des organisations de même type apparaissent à Kyôto et dans la plupart des villes marchandes.
La communauté villageoise, sôson, manifeste l’essor des communautés rurales traditionnelles. A la fin du Moyen-Age, on passe insensiblement d’un système fondé sur les domaines à un système fondé sur le village. Cette autonomie grandissante des communautés qui se muent en communes fait perdre au seigneur local son pouvoir administratif, policier et judiciaire. Les villages organisés en communes se voient reconnaître une existence légale et deviennent des unités de perception fiscale. Ils deviennent leur propre responsable : ils s’emparent aussi des droits de gestion des eaux, autrefois privilège seigneurial, et gèrent aussi des terres en friches ainsi que les forêts. Ils s’organisent pour l’autodéfense et forment des ligues de protection avec les autres communes des environs. Ces alliances d’ailleurs parachèvent l’effacement de la domination seigneuriale en dépassant l’ancien cadre du domaine. Certains villages gèrent avec d’autres communes les ressources locales ou les eaux de la vallée. Parfois au contraire, des conflits sanglants éclatent entre villages voisins. Certaines communes ont une véritable politique étrangère d’alliance avec tel seigneur ou tel monastère pour affaiblir le village voisin.
La société rurale est nettement divisée en deux catégories distinctes : les paysans et les samourai.
Au XVIe siècle, au Japon comme ailleurs, la situation des paysans n’est guère enviable. Même si les paysans rejetaient au départ les guerres, car elles ne leur apportaient que souffrances et impossibilité à travailler, ils se mirent peu à peu à les prendre comme une source de revenus comme une autre. Paysan au printemps et à l’automne lors des semailles et des moissons, ils se ralliaient à un seigneur ou un autre pendant l’été, du moment qu’il payait bien. L’hiver n’était en général pas très actif, car vêtus comme ils étaient, à savoir de kimono de chanvre et de sandales de pailles, et nourris de leurs pauvres réserves auquel venait parfois s’ajouter un gibier, ils ne pouvaient pas faire grand chose.
Le moyen-âge a été marqué, entre autres, par une croissance de la productivité agricole et par l’émergence d’une classe de paysans aisés, les myôshu, qui étaient responsables de la collecte des taxes.
On voit aussi apparaître des petits guerriers issus de la paysannerie, les jizamurai, petits samurai. Il faut savoir qu’il représente pas moins de 20% de la population de ces villages. Ils jouent véritablement un rôle de leader dans des campagnes où l’insécurité et l’effritement du pouvoir central obligent à resserrer les liens de la communauté. Ceux-ci se détachent peu à peu de la paysannerie mais ils gardent souvent un sentiment de solidarité avec elle. A chaque mauvaise récolte, les samourai prêtent de la nourriture, de l’argent et de semences aux paysans en difficulté, ce qui contribue à placer ces derniers sous la domination des petits guerriers. Parfois les samourai sont aussi victimes, comme les paysans, de l’exploitation des usuriers des villes et, dans ce cas, se font les porte-parole de l’ensemble de la communauté auprès des seigneurs ou du shôgunat. Ils tissent avec les paysans des liens contradictoires de solidarité et de domination. Tant que jizamurai et paysans ressentent la force de cette solidarité, les communautés rurales sont quasi invincibles. Mais dès que les conflits surgissent à l’intérieur des communautés entre samourai et paysans, c’en est fait de l’union villageoise.